L’origine de ce petit arbre est restée longtemps incertaine, notamment en raison de sa diversité inter-variétale. Toutefois, d’après des études phylogénétiques réalisées dans les années 2000, il serait né dans le bassin méditerranéen. Le citronnier est le fruit d’une hybridation naturelle entre le cédrat (Citrus medica) et la lime (Citrus limetta) et le pamplemousse (Citrus paradisi). Ses feuilles sont persistantes, ovales et lancéolées, ses fleurs ont des pétales blancs légèrement violacés et ses axillaires sont réunis en petits groupes.